Sieć obszarów Natura 2000 obejmuje 2 rodzaje takich terenów tj.: obszary specjalnej ochrony ptaków (dla ochrony ptaków) oraz specjalne obszary ochrony siedlisk i obszary mające znaczenie dla Wspólnoty (dla ochrony siedlisk przyrodniczych oraz gatunków innych niż ptaki).
W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa znajduje się - w całości lub w części – sześć obszarów sieci Natura 2000.

Buczyna Szprotawsko-Piotrowicka PLH080007
Obszar mający znaczenie dla Wspólnoty Buczyna Szprotawsko-Piotrowicka PLH080007 został wyznaczony na mocy decyzji Komisji z dnia 12 grudnia 2008 r. przyjmującej na mocy dyrektywy Rady 92/43/EWG drugi zaktualizowany wykaz terenów mających znaczenie dla Wspólnoty składających się na kontynentalny region biogeograficzny (Dz. Urz. UE. L 43/63).
Obszar obejmuje powierzchnię 1 423,30 ha, w tym 736,09 ha gruntów Nadleśnictwa. Ostoję tworzy kompleks lasów liściastych i mieszanych, z dużym udziałem starodrzewi, stanowiący wyspę wśród borowego krajobrazu Borów Dolnośląskich.

 
Obszar Natura 2000 Buczyna Szprotawsko-Piotrowicka PLH080007 (fot. T. Figarski)

Borowina PLH080030
Obszar mający znaczenie dla Wspólnoty Borowina PLH080030 został wyznaczony na mocy decyzji Komisji z dnia 10 stycznia 2011 r. w sprawie przyjęcia na mocy dyrektywy Rady 92/43/EWG czwartego zaktualizowanego wykazu terenów mających znaczenie dla Wspólnoty składających się na kontynentalny region biogeograficzny (Dz. Urz. UE. L 33/146).
Obszar obejmuje powierzchnię 512,22 ha, w tym 437,29 ha gruntów Nadleśnictwa. Ostoję tworzy kompleks dobrze zachowanych grądów i łąk w mozaikowym krajobrazie między Szprotawą a Kożuchowem.
Przedmiotem ochrony obszaru są dwa gatunki zwierząt z załącznika II dyrektywy siedliskowej: przeplatka maturna i pachnica dębowa, oraz 3 typy siedlisk przyrodniczych z zał. I dyrektywy siedliskowej (9170, 91E0, 91F0).
Na gruntach Nadleśnictwa występują:
- grądy środkowoeuropejskie (9170) – 128,82 ha;
- łęgi jesionowo-olszowe (91E0) – 26,59 ha;
- łęgowe lasy dębowo-wiązowo-jesionowe (91F0) – 38,03 ha.
Obszar Natura 2000 Borowina posiada plan zadań ochronnych (PZO) ustanowiony zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Gorzowie Wielkopolskim z dnia 30 marca 2017 r. (Dz. Urz. Woj. Lubuskiego, poz. 753).

 
Obszar Natura 2000 Borowina PLH080030 (fot. T. Figarski)

Małomickie Łęgi PLH080046
Obszar mający znaczenie dla Wspólnoty Małomickie Łęgi PLH080046 został wyznaczony na mocy decyzji Komisji z dnia 10 stycznia 2011 r. w sprawie przyjęcia na mocy dyrektywy Rady 92/43/EWG czwartego zaktualizowanego wykazu terenów mających znaczenie dla Wspólnoty składających się na kontynentalny region biogeograficzny (Dz. Urz. UE. L 33/146).
Obszar obejmuje powierzchnię 992,97 ha, w tym 567,28 ha gruntów Nadleśnictwa. Ostoja ma duże znaczenie dla zachowania ciągłości korytarza ekologicznego doliny rzeki Bóbr wraz z występującymi tu licznymi biocenozami. Obok Kwisy i Czernej jest to jedna z najważniejszych dolin rzecznych skrajnie północnej (nizinnej) części mezoregionu Bory Dolnośląskie.
Przedmiotem ochrony obszaru jest sześć gatunków zwierząt z załącznika II dyrektywy siedliskowej: bóbr europejski, wydra europejska, trzepla zielona, koza pospolita, głowacz białopłetwy i minóg strumieniowy. Wszystkie te gatunki związane są z ekosystemem rzeki.

 
Obszar Natura 2000 Małomickie Łęgi PLH080046 (fot. T. Figarski)

Dolina Dolnej Kwisy PLH020050
Obszar mający znaczenie dla Wspólnoty Dolina Dolnej Kwisy PLH020050 został wyznaczony na mocy decyzji Komisji z dnia 12 grudnia 2008 r. przyjmującej na mocy dyrektywy Rady 92/43/EWG drugi zaktualizowany wykaz terenów mających znaczenie dla Wspólnoty składających się na kontynentalny region biogeograficzny (Dz. Urz. UE. L 43/63).
Obszar obejmuje powierzchnię 5 972,18 ha, w tym 119,27 ha gruntów Nadleśnictwa. Ostoję została wyznaczona w dolnym odcinku rzeki Kwisy wraz z fragmentami lasów łęgowych, łąkami świeżymi oraz zbiorowiskami ziołoroślowymi, stanowiącymi jednocześnie ważne siedliska płazów i bezkręgowców.
Przedmiotem ochrony obszaru jest 15 gatunków zwierząt z załącznika II dyrektywy siedliskowej, w tym wilk szary, pachnica dębowa, kilka gatunków nietoperzy. Spośród nich, na gruntach Nadleśnictwa, znajduje się jedno stanowisko pachnicy dębowej.

 
Obszar Natura 2000 Dolina Dolnej Kwisy PLH020050 (fot. T. Figarski)

Bory Dolnośląskie PLB020005
Obszar specjalnej ochrony ptaków Bory Dolnośląskie PLB020005 został pierwotnie utworzony rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 5 września 2007 r. zmieniającym rozporządzenie w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 (Dz. U. z 2007 r. Nr 179, poz. 1275). Jest to obszar utworzony w celu ochrony lęgowych i migrujących gatunków ptaków. Powierzchnia całkowita obszaru wynosi 172 093,39 ha, w tym 8 884,16 ha na gruntów Nadleśnictwa.
Obszar stanowi jeden z największych kompleksów leśnych Polski położony w dorzeczu Odry. Główną rzeką jest Bóbr. Rzeźba terenu jest mało zróżnicowana, przeważają tereny równinne. Południkowo przecinają je doliny rzek. Występują tu zwarte drzewostany sosnowe z ubogim runem, które stanowi wrzos i borówka. W podszycie występuje jałowiec i żarnowiec. Panującym gatunkiem jest sosna, domieszkowo występuje dąb, brzoza, buk oraz jodła i świerk. W bardziej żyznych rejonach występują bory mieszane i lasy liściaste (fragmenty buczyn i grądów). Doliny rzeczne stanowią enklawy z bardziej bujną i wielowarstwową roślinnością. Urozmaicenie stanowią także liczne stawy rybne. Niektóre z nich są porośnięte szuwarami, natomiast część jest pozbawiona roślinności wskutek ich renowacji (na podstawie SDF obszaru).
Przedmiot ochrony obszaru stanowią 24 gatunki ptaków z załącznika I dyrektywy ptasiej oraz regularnie występujące gatunki wędrowne, w tym włochatka, sóweczka, dzięcioł czarny, dz. zielonosiwy, lelek.   

 
Obszar Natura 2000 Bory Dolnośląskie PLB020005 – terytorium włochatki Aegolius funereus (fot. T. Figarski)